集装箱班轮运输中运费的计算原则与杂货班轮运输中运费的计算原则相似，但也有其自身的特点。随着集装箱班轮运输发展的需求，有些租船运输中的装卸费用条款也被引入到了集装箱班轮运输中。如航次租船中的FI或FO的装卸条件被引入到集装箱班轮运输中。在这里，FI的含义与航次租船中的FI相同，即承运人不负责装船费用;FO的含义与航次租船中的FO相同，即承运人不负责卸船费用。例如，CY to FO即意味着承运人在装货港集装箱堆场接收货物，并在卸货港船舶舱内交货，这种货物交接形式和费用分担往往用于大批量货物的货主。这些货主在与集装箱码头装卸公司有着合作或契约关系的条件下，可以获得比较低的卸货费率l或者承运人对当地港口的情况无法把握时，就会使用这些不常用的条款。当然，CY to F0方式只适用于整箱货，通常用于Is―tanbul、Lattakia、Beirut等地中海东部航线的港口。
一般班轮运费的计收方法适用于，同时也被广泛应用于计算集装箱货物的运费和其他费用。即在费率表中规定了基本运费和附加运费，并给出了费率和计费方法。不过，由于在整个运输过程中，货物要装箱、拆箱，而这些作业既可以由承运人负责进行，也可以由托运人自行负责进行。随之，费用的负担责任也就确定。所以，不同情况下的运费计算办法也就有所不同。
集装箱班轮运输中的基本运费的计算方法有两种：
①采用与计算普通杂货班轮运输基本运费相同的方法，对具体的航线按货物的等级和不同的计费标准来计算基本运费。
②对具体航线按货物等级及箱型、尺寸的包箱费率(box rate)，或仅按箱型、尺寸的包箱费率而不考虑货物种类和级别计算基本运费。包箱费率指对单位集装箱计收的运费率。包箱费率也称为“均一费率 (freight all kinds，FAK)”。采用包箱费率计算集装箱基本运费时，只需要根据具体航线、货物等级以及箱型、尺寸所规定的费率乘以箱数即可。
在使用第一种计算方法时，由于集装箱货物的交接方式较多，因此就有不同的具体计算方法，包括拼箱货运费计算和整箱货运费计算。拼箱货的海运运费计算与普通杂货班轮运输货物的运费计算方法相似。整箱货的运费计算虽然有“最低运费”和“最高运费”的原则，但实践中并不使用。
最低运费是在货物由托运人自行整箱装箱，CY交货的情况下，且又采用拼箱货运费的计算方法时，一箱货物的运费应按集装箱的最低运费吨(计费吨)计算运费。如果箱内所装货物没有达到规定的最低装箱标准，亦即箱内所装货物没有达到规定的最低运费吨时，其亏损部分，托运人应支付“亏箱运费”。
最高运费是在集装箱运输中，为鼓励托运人采用整箱装运货物，并能最大限度地利用集装箱内部容积，而使用的一种运费计算方法。运费计算时为各种规格和类型的集装箱规定一个按集装箱的内部容积折算的最高运费吨。例如，规定20ft的干货箱的最高运费吨为31m3，40ft的干货箱的最高运费吨为67m3。实际装人箱内的尺码吨超过规定的最高运费吨时，仍然按最高运费吨为限计收运费。由于整箱货中所装的商品可能是分属不同运费等级的商品，则免收运费的商品应从运价等级最低的商品起始上推。在托运人没有 提供整箱货的正确度量单位或者计算运费的基础数据时，按最高运费吨和箱内运价等级最高的货物的运价计收运费。在只提供了部分货物的资料时，已有资料的货物的运费按实际计费吨和此类货物的等级费率计算;缺乏必要资料的货物的运费吨，则为最高运费吨和已提供资料的货物的计费吨之差。这一计费吨差与未提『盐或提供资料不足的货物中运价等级最高的费率之积，即为这类货物的运费。最高运费仅适用于以容积吨作为计费单位的货物，而不适用于按重量吨计算运费的货物。
集装箱班轮运输中的附加费也与杂货班轮运输中的情况相似。但是，实践中有时会将基本运费和附加费合并在一起，以包干费(all in freight)的形式计收运费。此时的运价称为包干费率，又称“全包价”(all in rate，A.I.R)。
集装箱班轮运输中的滞期费是指在集装箱货物运输中，货主未在规定的免费堆存时间内前往指定的集装箱堆场或集装箱货运站提取货物及交还集装箱，而由承运人向货主收取的费用，实践中也际其为滞箱费。滞期费按天计算。